免疫學是醫學和生命科學領域的重要新興學科。華中科技大學同濟醫學院免疫學系（原同濟醫科大學免疫學教研室）于1990年由原病理生理學教研室趙修竹、馮新為教授和原微生物學教研室畢愛華教授等老一輩專家籌建成立，人員主要由從事免疫學教學和科研的教職工組成。根據學科發展的需要，于1993年将劉恭植教授籌建的原實驗醫學研究中心免疫室與之合并組建了新的免疫學系。
曆任主任有龔非力教授（全國首屆教學名師）和沈關心教授（入選國家“百千萬人才工程”培養計劃），現任主任為楊想平教授（中組部青年計劃）。免疫學系組建以來，在院校領導和有關職能部門的大力支持，以及全系同事的不懈努力，免疫學系在人才培養、學科建設、教學、科研等各方面取得了顯著進展。
免疫學系現有在職教授 9人，其中青年計劃2人，副教授4人，高級工程師2人，工程師5人。具有國外進修學習經曆的教師13人。1996年被教育部評為博士點、博士後流動站；1997年評為湖北省重點學科。2000年10月，聯合我校與免疫學相關的臨床免疫研究室、過敏反應科、檢驗科等單位組建成立了同濟醫學院免疫學研究所。
免疫學系承擔華中科技大學醫學各專業本科生、碩士生、博士生及臨床八年制醫學生的課程7門，包括《醫學免疫學》，《基礎免疫學》，《實驗免疫學》，《分子免疫學》，《免疫學進展》，《科研入門》，《雙一流臨床專業學位研究生實驗免疫學》，開展了《醫學免疫學》雙語和全英語教學。
主要研究方向：細胞與分子免疫、免疫遺傳、免疫病理、代謝與免疫、腫瘤免疫、移植免疫等。承擔各類課題近百項，包括：國際合作項目、國家科技部973項目、國家科技部863項目、國家自然科學基金重點項目和面上項目，教育部回國人員啟動資金、湖北省科技廳重點項目、武漢市科技局重點項目和晨光計劃項目等。
免疫系教師作為第一作者單位或通訊作者在神經科學及相關領域領域的一流刊物發表200多篇SCI文章，包括Nature、Nature Immunology、PNAS、Cancer Research、Journal of Immunology、The Journal of Biological Chemistry、European Journal of Immunology等。
免疫學系為器官移植教育部重點實驗室和衛生部器官移植重點實驗室的組成單位。免疫學系擁有較好的免疫學公共技術平台，平台有流式細胞分析/分選儀、定量PCR儀、倒置熒光顯微鏡等大型儀器設備、實驗動物平台和細胞生物學平台。免疫學系還依托于同濟醫學院科研平台配有下一代測序平台、蛋白質化學平台、細胞分析儀、雙光子顯微鏡和同位素實驗室。完備的實驗平台為免疫學系的科技創新提供了堅實的基礎條件。
已培養博士碩士生200多名，在讀博士生 30多名，碩士生30多名。