何西淼，華中科技大學教授，博士生導師，同濟醫學院88858cc永利官网生理學系主任，基因組與蛋白質組研究中心主任，國家高層次人才青年項目獲得者，國家重點研發計劃課題負責人，國自然聯合基金重點支持項目課題負責人。2009年中科院北京基因組研究所獲基因組學博士學位。2009年10月至2016年9月于美國國立衛生研究院國家癌症研究所（NCI, NIH）曆任博士後，Research Fellow。長期從事生物信息學、多組學與精準醫學研究。目前已在Genome Research、Nucleic Acids Research、Advanced Science、Epigenetics & Chromatin、Genome Biology and Evolution、GPB、iScience等期刊上發表文章58篇，其中第一作者或通訊作者30篇，總引用3200餘次，H-index為19，H10-index為25。國際計算生物學協會(ISCB)與國際人類基因組組織(HUGO)成員。中國生物信息學會表觀遺傳信息學專委會委員；武漢市生理學學會理事長；湖北省生理學學會常務理事；湖北省生物信息學學會理事；湖北省醫學會遺傳學分會委員。2016年8月起，任Evolutionary Bioinformatics副主編。2019年12月起，任Current Medical Science編委。科學出版社十四五規劃教材《生理學》教材編委。發表教學論文2篇。獲校教學質量優秀獎二等獎，獲校“我最喜愛的教師班主任”稱号，并多次獲優秀教師班主任稱号。

通訊地址：湖北省武漢市硚口區航空路13号88858cc永利官网2号樓1601，430030

電子郵件：XimiaoHe@hust.edu.cn

實驗室網頁：http://openwetware.org/wiki/Hexlab

研究方向（ResearchInterests）：

長期從事生物信息學、表觀基因組學與精準醫學研究。主要方向包括：（1）DNA甲基化，核小體排布與組蛋白修飾在細胞分化中的功能研究；（2）甲基化CpG的高突變率在基因調控與疾病中的功能研究；（3）核小體介導的轉錄因子協同作用的表觀遺傳學研究；和（4）以多組學（基因組/表觀基因組/單細胞轉錄組等）測序為載體，以癌症、心血管和神經疾病為切入點的精準醫學研究。

教育經曆（Education）

2004.9-2009.4中國科學院北京基因組研究所，博士，導師：于軍

1997.9-2002.7華中科技大學同濟醫學院醫學信息學系，學士

學術工作經曆（Academic Positions）

2017.6-至今 華中科技大學同濟醫學院88858cc永利官网生理學系 主任

2016.11-至今 華中科技大學88858cc永利官网基因組與蛋白質組研究中心 主任

2016.9-至今 華中科技大學同濟醫學院88858cc永利官网醫學遺傳學系 教授2014.9-2016.9 美國國立衛生研究院國家癌症研究所Research Fellow

2009.10-2014.9美國國立衛生研究院國家癌症研究所 博士後

2002.7-2004.9 北京華大基因研究中心 數據庫組組長

主要學術兼職（Professional Activities）

國際計算生物學協會(ISCB) 會員

國際人類基因組組織(HUGO) 會員

Evolutionary Bioinformatics(IF=2.60)副主編（2016-至今）

Current Medical Science(IF=2.64)編委（2020-至今）

Discovery Medicine(IF=3.22)編委（2024-至今）

武漢市生理學學會 理事長（2022-至今）

湖北省生理學學會 常務理事（2018-至今）

中國生物信息學會表觀遺傳信息學專委會委員(2022-至今）

中國生物信息學會多組學與整合生物學專委會委員(2022-至今）

湖北省生物信息學學會 理事（2018-至今）

華中科技大學歐美同學會 副會長（2018-至今）

主要學術貢獻（Research Achievements）

1. 構建了DNA甲基化與癌症關系基因組學數據庫。（He X.,et al.(2008)Nucleic Acids Research36:D836-41），第一作者身份在Nucleic Acids Research上發表論文4篇。文章單篇引用最高209次，被Cell，Science，Nature Reviews Genetics, Genome Research, NAR等著名期刊引用。

1. 揭示DNA甲基化，核小體排布與轉錄因子結合以及基因表達調控的相互關系，在體内基因組水平證實甲基化能促進轉錄因子與DNA的結合（Mann I.*,…,He X.*,et al.(2013)Genome Res.23:6 988-97）；單堿基水平繪制了小鼠兩種細胞的甲基化圖譜（He X.et al.(2014)Epigenetics & Chromatin7:34）;全基因組證實核小體介導的轉錄因子協同作用(He X., et al. (2013) BMC Genomics14(1) :428 ) ,相關文章被Cell，Nature Reviews Genetics等著名期刊多次引用。

2. 證實甲基化的CG高突變率能産生新的轉錄因子結合位點從而加速進化（He X.,et al.(2015)Genome Biology and Evolution7(11):3155-69)；發現了DNA甲基化在進化上的新功能，文章發表後被Nature，Nucleic Acids Research等著名期刊引用。

3. 利用多組學和細胞生物學等手段研究與DNA甲基化等密切相關的慢性疾病，包括心血管疾病和癌症。心血管疾病方面的研究成果包括：1）發現B2M能預測冠心病嚴重性（BMC Cardiovasc Disord.2017;17(1):71.并列通訊作者，SCI他引34次）；2）發現MDK具有抑制心髒瓣膜鈣化的功能(Front Cell Dev Biol2021;9:794058.通訊作者)；3）報道擴心病、冠心病和限制性心肌病共同的轉錄組特征（iScience2022；25(3):103935.并列通訊作者）；4）用單細胞測序技術發現小鼠成年心髒中有一群特異的單核二倍體心肌細胞，在心梗時可能發揮重要功能（Frontiers of Medicine2023；17(5):939-956通訊作者）等。

4. 膠質瘤研究已經取得的成果包括：1）報道TXNDC11在膠質瘤中的促癌作用（Transl Cancer Res.2021;10(12):5040-5051.并列通訊作者）；2）建立生信模型計算血腦屏障分數預測膠質瘤惡性程度（J Clin Med.2022;11(19):5863.共同作者）；3）基于RNA結合蛋白構建模型預測膠質瘤預後（Curr Med Sci.2023;43(1):156-165.共同作者）；4）報道荜茇酰胺可逆轉替莫唑胺放化療（RT/TMZ）引起的活性氧（ROS）減少并重置腫瘤微環境以治愈膠質瘤（J Exp Clin Canc Res2023;42(1):118并列通訊作者）等。

研究基金（Grants）

1. 國家重點研發計劃，瓣膜鈣化多組學生物信息和細胞亞群功能研究，2021-2026年，439萬，主持

2. 國家自然科學基金委員會聯合基金項目，基于微量組學和人工智能的膠質瘤分子功能分型及早期風險預測研究，2023-2026，255萬元，課題負責人

3. 國家級青年人才項目，優先支持，從表觀基因組學層面進行精準醫學研究，2017-2023年，300萬，主持

4. 華中科技大學自主創新研究基金，DNA甲基化在細胞分化和疾病中的功能研究，2016.09-2024.12，300萬，主持

近5年發表文章（Publications2020-2024）

通訊作者文章^/第一作者文章*

第一作者或通訊作者文章：

1. Pu H*, Gao C*, Zou Y*, Zhao L, Li G, Liu C, Zhao L, Zheng M, Sheng G, Sun X, Hao X, Wang C^,He X^, Xiao J^. (2024) Single cell transcriptome profiling of infrapatellar fat pad highlights the role of interstitial inflammatory fibroblasts in osteoarthritis.Int Immunopharmacol.131:111888.

2. Tian Q*, Yin Y*, Tian Y*, Wang Y, Wang YF, Fukunaga R, Fujii T, Liao AH, Li L, Zhang W,He X^, Xiang W^, Zhou LQ^, (2024) Chromatin Modifier EP400 Regulates Oocyte Quality and Zygotic Genome Activation in Mice.Adv Sci. e2308018. doi: 10.1002/advs.202308018

3. Fan Y*, Liu X, Guan F, Hang X,He X^, Jin J^. (2024) Investigating the Potential Shared Molecular Mechanisms between COVID-19 and Alzheimer's Disease via Transcriptomic Analysis.Viruses.16(1):100.

4. Zhu M*, Liang H*, Zhang Z, Jiang H, Pu J, Hang X, Zhou Q, Xiang J,He X^.(2023) Distinct mononuclear diploid cardiac subpopulation with minimal cell-cell communications persists in embryonic and adult mammalian heart.Front Med.17(5):939-956.

5. Liu F*, Zhou Q*, Jiang HF*, Zhang TT, Miao C, Xu XH, Wu JX, Yin SL, Xu SJ, Peng JY, Gao PP, Cao X^, Pan F^,He X^, Chen XQ^. (2023) Piperlongumine conquers temozolomide chemoradiotherapy resistance to achieve immune cure in refractory glioblastoma via boosting oxidative stress-inflamation-CD8+-T cell immunity.J Exp Clin Cancer Res. 42(1):118.

6. Yin Y^*, Liu XZ^*, Tian Q, Fan YX, Ye Z, Meng TQ, Wei GH, Xiong CL, Li HG^,He X^, Zhou LQ^. (2022) Transcriptome and DNA methylome analysis of peripheral blood samples reveals incomplete restoration and transposable element activation after 3-months recovery of COVID-19.Front Cell Dev Biol.10:1001558

7. Guo SM^*, Liu XP^*, Tian Q^*, Fei CF, Zhang YR, Li ZM, Yin Y^,He X^, Zhou LQ^. (2022) Regulatory roles of alternative splicing at Ezh2 gene in mouse oocytes.Reprod Biol Endocrinol.20(1):99

8. Zhu M^*, Zhang C^*, Zhang Z, Liao X, Ren D, Li R, Liu S,He X^, Dong N^. (2022) Changes in transcriptomic landscape in human end-stage heart failure with distinct etiology.iScience. 25(3):103935

9. Dong Y^*, Liu X^*, Jiang B, Wei S, Xiang B, Liao R, Wang Q^,He X^. (2022) A Genome-Wide Investigation of Effects of Aberrant DNA Methylation on the Usage of Alternative Promoters in Hepatocellular Carcinoma.Front Oncol.11:780266.

10. Peng P, Cheng F, Dong Y, Chen Z, Zhang X, Guo D, Yu X, Lu Y, Ke Y, Zhang B^,He X^, Wan F^. (2021) High expression of TXNDC11 indicated unfavorable prognosis of glioma.Transl Cancer Res.10(12):5040-5051.

11. Sun KY^#, Guo SM^#, Cheng GP^#, Yin Y,He X^, Zhou LQ^. (2021) Cleavage-embryo genes and transposable elements are regulated by histone variant H2A.X.J Reprod Dev.67(5):307-312

12. Zhou Q^*, Cao H^*, Hang X, Liang H, Zhu M, Fan Y, Shi J, Dong N^,He X^. (2021) Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.Front Cell Dev Biol.9:794058.

13. Gao C*, Pu H*, Zhou Q*, Tao T, Liu H, Sun X,He X^, Xiao J^. (2021) Two reactive behaviors of chondrocytes in an IL-1β-induced inflammatory environment revealed by the single-cell RNA sequencing.Aging13(8):11646-11664.

14. Yin Y, Liu XZ,He X^, Zhou LQ^, (2021) Exogenous Coronavirus Interacts With Endogenous Retrotransposon in Human Cells.Front Cell Infect Microbiol.11:609160.

15. Fan Y., Hang X.,He X^, (2020)The impact factors of 3D genome organization.Sci Sin Vitae50: 465–483

16. Jin J.*,He X.^,Silva E.^, (2020) The stable intronic sequence RNAs (sisRNA) are selected regions in introns with distinct properties.BMC Genomics21(1):287

CO-AUTHORS

1. Qin Y*, Dong X*, Lu M, Jing L, Chen Q, Guan F, Xiang Z, Huang J, Yang C,He X, Qu J^, Yang Z^. (2024) PARP1 interacts with WDR5 to enhance target gene recognition and facilitate tumorigenesis.Cancer Letters. 593:216952.

2. Cai Z*, Zhu M*, Xu L*, Wang Y, Xu Y, Yim WY, Cao H, Guo R, Qiu X,He X, Shi J, Qiao W^, Dong N^. (2024) Directed Differentiation of Human Induced Pluripotent Stem Cells to Heart Valve Cells.Circulation149(18):1435-1456

3. Huang J, Jin S, Guo R, Wu W, Yang C, Qin Y, Chen Q,He X, Qu J^, Yang Z^. (2024) Histone lysine demethylase KDM5B facilitates proliferation and suppresses apoptosis in human acute myeloid leukemia cells through the miR-140-3p/BCL2 axis.RNA. 30(4):435-447. doi: 10.1261/rna.079865.123.

4. Wang Y, Sun Z, Ping J, Tang J, He B, Chang T, Zhou Q, Yuan S, Tang Z, Li X, Lu Y, He R,He X, Liu Z^, Yin L^, Wu N^. (2023) Cell volume controlled by LRRC8A-formed volume-regulated anion channels fine-tunes T cell activation and function.Nat Commun.14(1):7075.

5. Wang HX*, Liu XZ*,He X, Xiao C, Huang DX, Yi SH. (2023) Identification of Mixtures of Two Types of Body Fluids Using the Multiplex Methylation System and Random Forest Models.Curr Med Sci.43(5):908-918.

6. Peng P, Chen ZR, Zhang XL, Guo DS, Zhang B,He X, Wan F. (2023) Construction and Verification of an RNA-Binding Protein-Associated Prognostic Model for Gliomas.Curr Med Sci.43(1):156-165.

7. Mei NH, Guo SM, Zhou Q, Zhang YR, Liu XZ, Yin Y,He X, Yang J, Yin TL, Zhou LQ. (2023) H3K4 Methylation Promotes Expression of Mitochondrial Dynamics Regulators to Ensure Oocyte Quality in Mice.Adv Sci. 10(12):e2204794.

8. Li X, Li L, Zhou K, Zhang H, Maalim AA, Chen X,He X, Ding X, Xu C, Wang Y. (2022) Glioma Shapes Blood-Brain Barrier Integrity and Remodels the Tumor Microenvironment: Links with Clinical Features and Prognosis.J Clin Med.11(19):5863.

9. Tian Q, Tian Y,He X, Yin Y, Zhou LQ. (2022) Ppan is essential for preimplantation development in mice†.Biol Reprod.107(3):723-731.

10. Cheng GP, Guo SM, Yin Y, Li YY,He X, Zhou LQ. (2022) Aberrant Expression of Mitochondrial SAM Transporter SLC25A26 Impairs Oocyte Maturation and Early Development in Mice.Oxid Med Cell Longev.2022:1681623.

11. Fei CF, Guo SM, Yin Y,He X, Zhou LQ. (2022) Exposure of mouse oocytes to N,N-dimethylformamide impairs mitochondrial functions and reduces oocyte quality.Environ Toxicol.37(7):1563-1574.

12. Chen H, Xue J, Zhang Z, Zhang G, Xu X, Li H, Zhang R, Ullah N, Chen L, Amanullah, Zang Z, Lai S,He X, Li W, Guan M, Li J, Chen L, Deng C. (2022) High-speed rail model reveals the gene tandem amplification mediated by short repeated sequence in eukaryote.Sci Rep.12(1):2289.

13. Huang H, Liu X, Cheng J, Xu L,He X, Xiao C, Huang D, Yi S. (2022) A novel multiplex assay system based on 10 methylation markers for forensic identification of body fluids.J Forensic Sci.67(1):136-148.

14. Wu J, Wu Z, He A, Zhang T, Zhang P, Jin J, Li S, Li G, Li X, Liang S, Pei L, Liu R, Tian Q,He X, Lu Y, Tang Z^, Li H^. (2021) Genome-Wide Screen and Validation of Microglia Pro-Inflammatory Mediators in Stroke.Aging Dis.;12(3):786-800

實驗室成員（LabMembers）：

表觀基因組學與精準醫學實驗室聚焦于生物信息學、多組學與精準醫學研究。目前團隊中有教授1名、副教授1名、講師2名、助理研究員1名、博士生6名；碩士生5名。團隊中多人獲得獎勵，包括國家獎學金3人（博士生周倩和劉曉昭；碩士生江昊）等。已畢業博士2名，碩士4名。

實驗室負責人：何西淼教授

教職成員：梁華敏副教授；殷櫻講師；宋元龍講師；金晶助理研究員

博士研究生：董钰婷、管菲、周倩、劉曉昭、劉碧穎、江宗晏

碩士研究生：江昊、田野、陳青川、陳嘉琪、羅偉東

本科生：李林蔓、秦藝菲

已畢業博士生：樊逸仙、朱苗苗

已畢業碩士生：李錦程、杭曉奕、蔣碧君、魏思婷

已畢業本科生（指導畢業設計）：陳若喬、文岩松、王葉飛、陳星禹、馬正邦、曹璨、焦睿淑、陳青川、陳杏、郝晉涔