
2025年2月21日,華中科技大學同濟醫學院88858cc永利官网史岸冰課題組針對細胞極性分泌晚期階段的調控開展研究,發現了一種此前未見報道的分泌囊泡錨定捕獲機制。這項發表在Journal of Cell Biology上的研究(題為:RAB-10 cooperates with EHBP-1 to capture vesicular carriers during post-Golgi exocytic trafficking)大量運用遺傳學分析,深入解析RAB-10/Rab10及其效應蛋白EHBP-1/Ehbp1如何通過協作,調控細胞内脂蛋白分泌囊泡向細胞膜的定向運輸過程,為理解極性細胞中定向分泌調控提供了新的科學細節。
研究團隊選擇秀麗線蟲、人類肝細胞作為模式體系,通過一系列細胞學實驗策略,探索了RAB-10/Rab10和EHBP-1/Ehbp1在極性脂蛋白分泌過程中的作用機制。
本研究采取了RNAi反向遺傳篩選策略,首先對22個已知的Rab家族蛋白進行了篩查。為避免基因敲除帶來的嚴重表型影響實驗判讀,對于一些關鍵基因如snap-29、snap-1、sec-5等,研究人員特别選取了在線蟲L2-L3期進行RNAi處理的策略,這樣可以在young adult階段觀察到相對溫和的表型。在篩選中,研究人員發現RAB-10的缺失導緻卵黃載脂蛋白VIT-2在細胞内異常累積,同時體腔中的VIT-2含量顯著降低。此前研究提及的調控頂膜端分泌的RAB-10旁系同源蛋白RAB-8的缺失并未導緻類似表型,而RAB-5的缺失則導緻VIT-2在體腔中累積但卵母細胞中含量降低,提示其可能參與卵母細胞的脂蛋白内吞過程。這種系統性的篩選不僅确定了RAB-10在分泌過程中的特殊作用,也幫助繪制出了不同Rab蛋白在極性分泌-内吞網絡中的功能圖譜。為了研究RAB-10的分泌調控效應,研究團隊進一步對已知的RAB-10互作蛋白進行了篩選,包括EHBP-1、TBC-2、CNT-1、HUM-2等在腸道中參與循環的蛋白,以及JIP-1、KLC-1、KLC-2、KLP-4等在神經軸突發育中起作用的蛋白。通過這輪篩選,他們發現隻有EHBP-1缺失會導緻VIT-2分泌缺陷,這一發現将研究重點指向了EHBP-1。
在技術方面,研究人員利用heat shock-inducible CRISPR-Cas9系統構建了ehbp-1條件性突變體,實現了對EHBP-1功能的時空特異性調控。同時,研究人員通過CRISPR-Cas9介導的同源重組,在不影響基因原有表達調控的前提下,将mNeonGreen-3xFlag和wrmScarlet标簽分别整合到VIT-2和RAB-10的基因位點,獲得了内源标記的融合蛋白。利用高分辨率共聚焦顯微鏡進行活體成像,研究人員觀察到在RAB-10或EHBP-1缺失的線蟲中,原本應該分泌到體腔的卵黃蛋白VIT-2在腸道細胞内異常累積。進一步的透射電鏡分析揭示,突變體中出現大量直徑約200nm的電子緻密囊泡,這些囊泡的數量較野生型顯著增加,但形态保持不變。這一發現暗示RAB-10和EHBP-1可能參與調控脂蛋白囊泡的運輸過程,而非囊泡的形成。
為了理解RAB-10和EHBP-1的作用機制,研究團隊開展了一系列生化和細胞生物學實驗。表達并純化了RAB-10和EHBP-1的各個功能結構域,通過體外結合實驗發現,EHBP-1的CC結構域能夠特異性地識别處于GTP結合狀态的RAB-10,EHBP-1的C2結構域可以與膜脂PI(4,5)P2結合,這種結合對EHBP-1定位于循環内吞體至關重要。研究人員建立了基于TIRF顯微鏡的實時觀察系統,直接觀察EHBP-1介導的囊泡捕獲過程。他們将帶有StrepII标簽的EHBP-1固定在包被生物素的載玻片上,然後加入裝載了熒光标記的RAB-10的人工脂質體。實驗結果清楚地顯示,隻有當RAB-10被非水解GTP類似物GMP-PNP活化時,脂質體才能被有效捕獲。這一體外重構實驗不僅證明了EHBP-1具有囊泡捕獲功能,還揭示了這一過程依賴于RAB-10的活性狀态。
在調控機制方面,研究人員通過遺傳學篩查發現了一個新的關鍵分子LST-6/DENND5。通過熒光标記的鳥嘌呤核苷酸MANT-GDP釋放實驗,他們證實LST-6具有特異的GEF活性,能夠促進RAB-10從GDP結合狀态轉換為活性的GTP結合狀态。有趣的是,與已知調控循環運輸的DENN-4/GEF相比,LST-6顯示出不同的底物特異性和亞細胞定位模式,暗示細胞可能通過不同的GEF來精确調控同一Rab介導的不同運輸途徑。為了确認這一機制的進化保守性,研究人員轉向了人類細胞模型。他們利用RNA幹擾技術在HepG2和Huh7肝細胞中分别敲低RAB-10或DENND5的表達。實驗結果顯示,無論是細胞内還是培養基中的載脂蛋白apoB水平都顯著降低,但mRNA水平保持不變。有趣的是,使用溶酶體抑制劑bafilomycin A1處理可以部分逆轉細胞内apoB的減少,而蛋白酶體抑制劑MG132的效果較弱,這表明分泌受阻的脂蛋白主要通過溶酶體途徑進行降解。

在研究過程中,團隊還利用AlphaFold2-Multimer對RAB-10和EHBP-1的複合物結構進行預測,為理解兩個蛋白的相互作用界面提供了重要線索。在細胞水平,他們采用spinning disk共聚焦顯微鏡進行實時成像,發現在EHBP-1缺失的細胞中,RAB-10标記的囊泡呈現出更加活躍的分裂行為,而融合頻率保持不變。這一發現揭示了EHBP-1在維持分泌膜區室穩定性方面的重要作用。研究還發現,這一分泌通路具有顯著的組織特異性和極性特征。在線蟲腸道上皮細胞中,RAB-10-EHBP-1主要調控基底外側分泌,而對頂膜端分泌沒有明顯影響。這種極性特異性的發現啟發研究人員思考:細胞是否存在多套平行的分泌調控系統?後續,通過系統性篩查分泌相關基因,有助于逐步繪制出一幅較為完整的分泌調控網絡圖。
在代謝性疾病中,脂蛋白分泌異常是一個普遍存在的問題。通過深入理解Rab介導的分泌調控機制,可能為這些疾病的治療提供新的靶點和策略。為此,研究團隊正在進一步拓展研究,利用光遺傳工具研究Rab10活性的時空調控特征,并通過定量蛋白質組學方法鑒定更多的調控分子,為闡明細胞極性運輸的基本原理提供進一步的線索,幫助理解細胞内物質運輸系統的精确性和複雜性。這一類研究工作也将為理解其他細胞過程提供思路,如在極性細胞中,不同膜結構域的形成和維持可能也依賴于類似的分子捕獲機制。在免疫細胞中,細胞因子的定向分泌可能也受到類似通路的調控。随着新技術的不斷發展,特别是成像系統、結構生物學方法的進步,以及人工智能輔助的數據分析方法的應用,将有力促進學界對細胞分泌調控機制更深入的認識。
華中科技大學同濟醫學院88858cc永利官网生物化學與分子生物學系史岸冰、嚴雁玲為論文通訊作者,博士生劉帥、魏颉為論文第一作者。
原文鍊接:https://doi.org/10.1083/jcb.202410003