何西淼教授

聯系方式：

Email：XimiaoHe@hust.edu.cn

電話：158-貳七伍七-捌五35

URL：http://www.openwetware.org/wiki/Hexlab

何西淼博士，華中科技大學教授，博士生導師，同濟醫學院88858cc永利官网生理學系主任，基因組與蛋白質組研究中心主任。長期從事基因組學，表觀基因組學與生物信息學研究。博士階段師從我國基因組學奠基人之一，北京基因組研究所于軍副所長。曾長期在美國國家癌症研究所從事DNA甲基化與核小體分布等表觀基因組學研究。現主要研究方向為表觀基因組學，生物信息學和轉化醫學。主要包括：1）DNA甲基化，核小體排布與組蛋白修飾在細胞分化中的功能研究；2）甲基化CpG的高突變率在基因調控與疾病中的功能研究；3）核小體介導的轉錄因子協同作用的表觀遺傳學研究；和4）以個人基因組/表觀基因組測序為載體，以癌症和神經系統退化性疾病為切入點開展精準醫療研究。

已在Nature、Genome Research、 PLoS Biology、Nucleic Acids Research、Epigenetics & Chromatin、BMC Genomics、Genome Biology and Evolution、PLoS One等雜志上發表文章27篇，總引用1900餘次，總影響因子180多分。其中第一作者或通訊作者身份文章15篇，總引用500餘次，總影響因子80多分，單篇引用最高140餘次。H10-index為11。國際計算生物學協會(ISCB)與國際人類基因組組織(HUGO)成員。2016年8月起至今，擔任Evolutionary Bioinformatics副主編。

2016年9月受聘為華中科技大學88858cc永利官网教授。從事本科生（四年制，醫學實驗技術班）基礎醫學核心課程《分子細胞生物學》和《醫學導論》教學；參與教學内容教學内容安排、教學大綱、考試命題和閱卷；從事研究生課程《受體與疾病》，《科研入門》和《Genetics and Genomics》（全英文）等教學活動。擔任2017級醫學實驗技術班導師班主任，每年指導8年制基礎科研每年2組。

受教育經曆（從大學本科開始，按時間倒序排列）：

2004.9-2009.4 中國科學院北京基因組研究所 （博士學位 導師：于軍研究員）

1997.9-2002.7 華中科技大學同濟醫學院醫學信息學系 （學士學位 導師：鄒立君）

研究工作經曆（按時間倒序排列）：

2016.9-至今 華中科技大學同濟醫學院88858cc永利官网醫學遺傳學系 教授

2014.9-2016.9  美國國立衛生研究院國家癌症研究所 Research Fellow

2009.10-2014.9 美國國立衛生研究院國家癌症研究所 博士後

2002.7-2004.9  北京華大基因研究中心 數據庫組組長

近五年來承擔的學術研究課題：

1. 課題名稱：從表觀基因組學層面進行精準醫學研究

來源：國家自然科學基金委

執行年限：2017.5-2020.12

本人所起作用：項目負責人

1. 課題名稱：DNA甲基化在細胞分化和疾病中的功能研究

來源：華中科技大學自主創新研究基金

執行年限：2016.09-2017.12

本人所起作用：項目負責人

1. 課題名稱：Gene Regulation and Function: The B-Zip Proteins

來源：NCI/NIH

年限：10/01/2009-09/05/2016

本人所起作用：第一參與人

近五年在國内外公開發行刊物上發表的學術論文：

1. Tillo D, Ray S, Syed KS, Gaylor MR, He X., Wang J, Assad N, Durell S, Porollo A, Weirauch MT, Vinson C. The Epstein-Barr virus B-ZIP protein Zta recognizes specific DNA sequences containing 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine. Biochemistry 56(47), 6200-6210 (2017)

2. You L*, Xie R*, Hu H, Gu G, Zheng H, Zhang J, Yang X, He X.^, Cui W^, High levels of serum β2-microglobulin predict severity of coronary artery disease. BMC Cardiovasc Disord 17(1):71. doi: 10.1186/s12872-017-0502-9 (2017)

3. Han, Y. & He, X. Integrating Epigenomics into the Understanding of Biomedical Insight. Bioinform. Biol. Insights 10, 267–289 (2016).

4. Qian, Z. et al. Genome-Wide Transcriptional Regulation and Chromosome Structural Arrangement by GalR in E. coli. Front. Mol. Biosci. 3, 1–11 (2016).

5. Khund-Sayeed, S. et al. 5-Hydroxymethylcytosine in E-box motifs ACAT|GTG and ACAC|GTG increases DNA-binding of the B-HLH transcription factor TCF4. Integr. Biol. 8, 936–945 (2016).

6. Syed, K. S. et al. 5-Methylcytosine (5mC) and 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC) Enhance the DNA Binding of CREB1 to the C/EBP Half-Site Tetranucleotide GCAA. Biochemistry 55, 6940–6948 (2016).

7. He, X. et al. Methylated Cytosines Mutate to Transcription Factor Binding Sites that Drive Tetrapod Evolution. Genome Biol. Evol. 7, 3155–3169 (2015).

8. He, X. et al. GABPα Binding to Overlapping ETS and CRE DNA Motifs Is Enhanced by CREB1: Custom DNA Microarrays. G3 (Bethesda). 5, 1909–18 (2015).

9. Qian, Z. et al. A new noncoding RNA arranges bacterial chromosome organization. MBio 6, 1–8 (2015).

10. Chatterjee, R. * , He, X.* et al. High resolution genome-wide DNA methylation maps of mouse primary female dermal fibroblasts and keratinocytes. Epigenetics Chromatin 7, 35 (2014).

11. He, X. et al. Nucleosomes are enriched at the boundaries of hypomethylated regions (HMRs) in mouse dermal fibroblasts and keratinocytes. Epigenetics Chromatin 7, 34 (2014).

12. Deng, C. *, He, X*. & Hsueh, A. J. W. A single-nucleotide polymorphism of human neuropeptide S gene originated from Europe shows decreased bioactivity. PLoS One 8, 1–8 (2013).

13. He, X. et al. Contribution of nucleosome binding preferences and co-occurring DNA sequences to transcription factor binding. BMC Genomics 14, 428 (2013).

14. Mann, I. K*,…,He, X.* et al. CG methylated microarrays identify a novel methylated sequence bound by the CEBPB|ATF4 heterodimer that is active in vivo. Genome Res. 23, 988–997 (2013).

15. Caravaca, J. M. et al. Bookmarking by specific and nonspecific binding of FoxA1 pioneer factor to mitotic chromosomes. Genes Dev. 27, 251–260 (2013).

16. Chatterjee, R. et al. Overlapping ETS and CRE Motifs (G/CCGGAAGTGACGTCA) Preferentially Bound by GABP and CREB Proteins. G3 Genes|Genomes|Genetics 2, 1243–1256 (2012).

獲得的學術研究獎勵與學術兼職

2016年8月起 Evolutionary Bioinformatics副主編

2017年起-至今 同濟醫學院88858cc永利官网青年學者聯合會副會長，主管學術

課題組成員簡介：

實驗室負責人：何西淼教授，

教職成員：梁華敏副教授，胡仕良博士，金晶博士

客座：何磊博士，張哲博士，袁發浒，吳建華，張玉芬，柯霄，吳良俊，餘鵬程，鄧曉菲，張猜

研究生：樊逸仙（2017博士），李錦程（2017碩士）

八年制基礎科研生：楊淨植，孫晉夫，李喆，朱麗佳